La prima chiesa sullo stesso sito, documentata dal 1262, era una basilica romanica a tre navate, che, dopo l'incendio del 1361, fu ristrutturata, in stile gotico, a volte. Dopo la creazione della diocesi di Lubiana nel 1461, fu ampliata diverse volte e ristrutturata. Nel 1469 venne probabilmente bruciata dai Turchi. Nel 1701 se ne decise l'abbattimento e al suo posto si costruì una nuova chiesa barocca a sala, a forma di croce latina, con cappelle laterali.
Progettata dall'architetto gesuita Andrea Pozzo, la costruzione venne terminata nel 1706. Nella volta del transetto originariamente vi era una finta cupola, sostituita con una vera appena nel 1841. Tra il decoro barocco, oltre agli affreschi di Giulio Quaglio (dal 1703 al 1706 e dal 1721 al 1723), sono importanti le quattro statue dei vescovi di Emona romana, ad opera dello scultore Angelo Putti (1712 – 1713), sistemati ai quattro angoli sotto la cupola, la statua del decano della cattedrale Janez Anton Dolničar (1715), promotore della costruzione della nuova cattedrale, e nel transetto a sinistra gli angeli d'altare di Francesco Robba (del periodo tra il 1745 e il 1750) e gli angeli dei fratelli Paolo e Giuseppe Groppelli (1711) a destra.
Numerose opere d'arte della cattedrale sono posteriori. Interessanti gli affreschi della cupola (1844) ad opera di Matevž Langus. Delle aggiunte eseguite nel sec. XX, eccezionale è la porta bronzea principale, con la storia della Slovenia, che eseguì lo scultore Tone Demšar in occasione dei 1250 anni del cristianesimo tra gli sloveni, nonché l'ingresso laterale con ritratti dei vescovi di Lubiana, ad opera dello scultore Mirsad Begić.
