Muzeji v Ljubljani in okolici hranijo vrsto pomembnih prazgodovinskih najdb. Poleg že omenjene piščali iz Divjih bab v Narodnem muzeju Slovenije ne spreglejte tudi ostankov starodavne kulture Koliščarjev z Ljubljanskega barja. Med njimi je tudi najstarejše leseno kolo z osjo na svetu, ki ga hrani Mestni muzej Ljubljana in je tam občasno na ogled.
Razstavišče Moja Ljubljanica na Vrhniki ponuja na ogled zbirko arheoloških najdb iz reke Ljubljanice, ki poleg zapuščine Koliščarjev vključujejo tudi ostanke iz rimske dobe. Zapuščina rimskega mesta Emona se je deloma ohranila v Ljubljani in je na ogled v treh arheoloških parkih na prostem.
Razstava Slovenska zgodovina na Ljubljanskem gradu ponuja hiter pregled kasnejših obdobij. Podrobneje in z različnih vidikov lahko zgodovino Ljubljane raziščete v Narodnem muzeju Slovenije, Mestnem muzeju Ljubljana, Slovenskem etnografskem muzeju in Muzeju novejše zgodovine.
Izjemni zbirki tehniške dediščine sta na ogled v Tehniškem muzeju Slovenije v Bistri pri Vrhniki ter v Železniškem muzeju.